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Incroyable ! Des chercheurs créent un test qui détecte tous les virus

Par Lise Loumé Publié le 01-10-2015 à 15h32 sciencesetavenir.fr

Des chercheurs américains ont mis au point un test qui décèle potentiellement tous les virus humains et animaux, et ce à des niveaux très faibles. Explications.

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Virus de la grippe : virus H5N1 © Inserm, Rosa-Calatrava, Manuel & Ressnikoff, Denis

Un test qui détecte à des niveaux très faibles tous les virus infectant les humains et les animaux, et ce à des niveaux très faibles : c'est ce qu'annoncent avoir mis au point des chercheurs de l'université de Washington (États-Unis). Dans la revue Genome Research, ils expliquent que ce nouveau test - baptisé ViroCap - peut détecter des virus à des niveaux non décelables actuellement par les tests en vigueur basés sur le séquençage du génome. De plus, ces derniers ne peuvent repérer que le virus soupçonné d'être responsable de la maladie d'un patient. Or ViroCap détecte notamment 337 virus issus de 34 familles différentes (comme le montre l'image ci-dessous) ! "Avec ce test, vous n'êtes pas obligés de savoir quel virus vous recherchez, explique dans un communiqué l'auteur principal de l'étude, Gregory Storch. Nous pensons qu'il sera particulièrement utile lorsque les tests standards ne suffisent pas pour établir un diagnostic et pour déterminer la cause d'une épidémie". Peut-être qu'un jour il servira à détecter des épidémies liées aux virus les plus dangereux sur Terre, comme Ebola, Marburg ou encore le SRAS (le syndrome respiratoire aigu), mais aussi celles induites par des virus plus courants, du genre rotavirus ou norovirus et causant des infections gastro-intestinales sévères, projettent les chercheurs.

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52 % de virus supplémentaires détectés

Pour mettre au point ce test, les scientifiques ont ciblé des séquences uniques d'ADN ou d'ARN de virus (l'acide ribonucléique -ARN- remplace l'acide désoxyribonucléique -ADN- chez certains virus) qui infectent régulièrement les humains et les animaux. Au total, l'équipe a récolté 2 millions de séquences génétiques uniques ! Ces dernières, introduites dans des échantillons biologiques prélevés sur des patients, sont utilisées comme marqueurs : elles permettent de révéler les virus éventuellement présents en se collant à eux. Les assemblages sont visibles via une technique de séquençage génétique haut débit.

ESSAIS. Reste à vérifier l'efficacité de ViroCap sur le terrain : les chercheurs ont pour cela analysé trois types de fluide biologique (sang, selles et sécrétions nasales) issus de deux groupes d'enfants (14 puis 8) hospitalisés au St. Louis Children Hospital (États-Unis). Dans le premier groupe, un test standard a détecté la présence de virus chez 10 des 14 patients. Or le ViroCap a aussi décelé des virus chez les 4 autres enfants. Le test standard n'a ainsi pas détecté 4 virus : la grippe saisonnière B, le paréchovirus (un virus respiratoire), le virus de l'herpès 1 (responsable de l'herpès labial), et enfin, le virus de la varicelle et du zona. Dans un deuxième groupe composé de 8 enfants souffrant de fièvre pour une raison inexpliquée, le test standard a détecté 11 virus. ViroCap, lui, en a découvert 7 autres, y compris un adénovirus de type B, un virus respiratoire généralement inoffensif mais pouvant causer des infections graves chez certains patients. Conclusion, dans les deux groupes de patients, le nouveau test des chercheurs de l'université de Washington a détecté 52 % de virus supplémentaires (32 contre 21) comparé à l'un de ceux déjà existant sur le marché.

Un test adaptable à la détection de bactéries et champignons

"ViroCap est si sensible qu'il détecte également les souches variantes de virus qui sont étroitement liées génétiquement, s'enthousiasme Todd Wylie, co-auteur de l'étude. Or de légères variations génétiques entre les virus ne peuvent généralement pas être distinguées par les tests actuels et compliquent la capacité des médecins à détecter toutes les souches variantes d'un virus avec un seul test." En outre, contrairement aux tests actuels, ViroCap peut identifier facilement des sous-types viraux. À l'instar du virus H3N2, sous-type virulent de l'influenza A (responsable de la grippe saisonnière) et ayant provoqué le décès de 36.000 Américains durant l'hiver 2014-2015. Et chez certains patients - en particulier les jeunes enfants, les personnes âgées et celles ayant un système immunitaire affaibli - identifier la présence de H3N2 est primordiale puisqu'elle peut modifier l'effet de leur traitement.

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Il faudra toutefois être patient avant que les médecins ne puissent bénéficier de ce test : en effet, les chercheurs envisageant de compléter leurs recherches afin de s'assurer de l'efficacité de leur test, il ne sera pas disponible en clinique avant plusieurs années. "Il sera également possible d'adapter ce test afin qu'il puisse repérer des agents pathogènes autres que les virus, comme les bactéries et les champignons pathogènes, ainsi que des gènes associés à une résistance à des antibiotiques ou à d'autres médicaments", explique Kristine Wylie, co-auteur de l'étude. En attendant, la technologie peut être utilisée par les scientifiques pour étudier les virus dans le cadre de leurs recherches, comme le virus Ebola (voir photo ci-dessus).

Crédits images : © Gregory Storch / Genome Biology

© National Institute of Allergy and Infectious Diseases
 

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